هدف اصلی متولیان، مدیران و اساتید محترم مدارس علمیه، پرورش استعدادهای بالقوه طلاب در دو بعد علمی و تقوایی است. در رابطه با ماهیت و شرافت علم و تعلیم و تعلم، روایات متعددی با تعابیر بسیار بلند و شگفت‌آور وجود دارد. شهید مطهری در رابطه با علم می‌گوید: «خداوند انسان را حقیقت طلب آفریده است؛ یعنی انسان می‌خواهد حقایق را آنچنان كه هستند بفهمد، می‌خواهد اشیاء را همان‌طور كه هستند بشناسد و درك كند، و این فرع بر این است كه انسان خودش را نسبت به حقایق، بی طرف و بی غرض نگاه دارد». بنابراین، علم، و پژوهش‌های علمی، چیزی جز حقیقت‌جویی نیست. از طلاب انتظار می‌رود که فعالیت‌های علمی خود را با نیازهای جامعه تطبیق دهند و خود را در صحنه‌های مختلف فلسفی، فقهی، کلامی و... در دنیای علم حاضر کنند و بار دیگر، مرجع علمی مسائل روز و نیازهای جامعه شوند و حتی مبتکر برخی از رشته‌های علمی گردند و این هدف میسر نخواهد شد مگر با «آموزش پژوهش محور»؛ آموزشی که طلبه به جای حفظ‌محوری، و آزمون‌محوری و نمره‌محوری، با تفکر، مطالعه، پرسش، پیگیری و پشتکار برای به دست آوردن علم تلاش کند. برای این منظور باید از همه فرصت‌ها و نعمتهایی که در دست دارد استفاده کند. روش‌های کنونی و مرسوم در حوزه‌های علمیه دارای نواقصی است که بایستی مورد مطالعه و بررسی قرار گیرد. امروز در حوزه‌های علمیه، اساس کار طلبگی، حفظ‌محوری است و نظام آموزش‌محور، سابقه‌ای طولانی در حوزه‌های علمیه دارد. تا جایی که دیگر فضایی برای پژوهش وجود ندارد و دست‌اندرکاران امر پژوهش، به سختی و با موانع زیاد چرخ پژوهش را می‌چرخانند. نظامی که باعث می‌شود بعضاً طلبه پس از سه سال تحصیل در حوزه علمیه به نوعی بی انگیزگی و احساس ناکارآمدی در جامعه مبتلا شود و دست از تحصیل علم و حقیقت‌جوئی برداشته و بیشتر به فکر حل نیازهای اقل جامعه بیفتد. مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه، مرجع اصلی رسیدگی و حل این مسائل است. این مرکز می‌تواند با تدوین نظام آموزشی پژوهش محور و با برگشت به اصول آموزشی موفقی که در گذشته مرسوم بوده، نواقص خود را برطرف کرده و زمینه پرورش اندیشمندان و متفکران بزرگ اسلامی را فراهم آورد.